Odpowiedź Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi na pismo z dnia 13 sierpnia 2025 r. z wnioskiem o dokonanie interpretacji zgodnej z art. 64 ust. 1 lit. c) rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2021/1060 z dnia 24 czerwca 2021 r.¹ w kontekście kwalifikowalności podatku VAT oraz zmianę wytycznych podstawowych² tak, aby umożliwić uznanie podatku VAT za koszt kwalifikowalny w przypadkach, gdy zgodnie z polskim prawem krajowym brak jest możliwości jego odzyskania

Odnosząc się do powołanego art. 64 ust. 3 lit. c) rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2021/1060, wskazujemy, że przepis ten nie znajduje zastosowania do Europejskiego Funduszu Rolnego na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich (EFRROW). Zgodnie z art. 2 ust. 2 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady 2021/2115, przepisy rozporządzenia 2021/1060 stosuje się do EFRROW jedynie w zakresie wyraźnie przewidzianym w rozporządzeniu 2021/2115³.

Ramowe warunki przyznawania pomocy są regulowane przepisami prawa unijnego, w tym m. in. rozporządzenia 2021/2115³. Zgodnie z art. 73 ust. 3 rozporządzenia 2021/2115 państwa członkowskie ustanawiają wykaz niekwalifikowalnych inwestycji i kategorii wydatków. W przepisie tym wskazano jakie kategorie wydatków ma zawierać ten wykaz, natomiast jest to katalog otwarty. Nie wskazano w nim podatku VAT. Inne przepisy unijne odnoszące się do PS WPR 2023-2027 również nie regulują kwestii kwalifikowalności podatku VAT. Oznacza to, że poszczególne państwa członkowskie mogą dowolnie uregulować to zagadnienie w swoich przepisach krajowych.

Katalog kosztów niekwalifikowalnych w ramach PS WPR 2023-2027 został doprecyzowany na poziomie krajowym w wytycznych podstawowych², które funkcjonują w określonym otoczeniu prawnym. Na sytuację rolnika mają wpływ nie
tylko regulacje zawarte w wytycznych podstawowych, ale także szereg innych przepisów. Całość regulacji powinna tworzyć logiczny, zintegrowany ze sobą system prawny.

Doprecyzowanie podejścia w zakresie kwalifikowalności podatku VAT w wytycznych podstawowych¹, wprowadzając zasadę jego niekwalifikowalności dla rolników we wszystkich interwencjach PS WPR 2023-2027 wynikało z potrzeby zapewnienia spójności stosowania zasad oraz przejrzystości finansowania w całym PS WPR 2023-2027. Rolnicy funkcjonują w odmiennym reżimie podatkowym niż pozostali beneficjenci, a obowiązujące regulacje przewidują dla nich szczególne rozwiązania w zakresie rozliczeń podatku VAT. Wprowadzenie jednolitej zasady, zgodnie z którą
podatek VAT jest dla tej grupy kosztem niekwalifikowalnym, ma na celu uniknięcie ryzyka podwójnego finansowania podatku VAT, w szczególności w przypadkach, w których rolnicy mogą pośrednio odzyskiwać część podatku w ramach krajowego systemu podatkowego np. poprzez zryczałtowany zwrot podatku VAT.

Z tego względu, odmienne traktowanie w zakresie kwalifikowalności podatku VAT nie stanowi przejawu dyskryminacji, lecz odzwierciedla odmienny charakter podatkowy poszczególnych grup beneficjentów i ma na celu zapewnienie jednolitości oraz przejrzystości zasad finansowania operacji, w tym także w ramach interwencji LEADER.
Uprzejmie informuję, że MRiRW nie planuje zmiany wytycznych podstawowych² w tym zakresie.

Podstawa prawna:
¹ Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2021/1060 z dnia 24 czerwca 2021 r. ustanawiające wspólne przepisy dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego Plus, Funduszu Spójności, Funduszu na rzecz Sprawiedliwej Transformacji i Europejskiego Funduszu Morskiego, Rybackiego i Akwakultury, a także przepisy finansowe na potrzeby tych funduszy oraz na potrzeby Funduszu Azylu, Migracji i Integracji, Funduszu Bezpieczeństwa Wewnętrznego i Instrumentu Wsparcia Finansowego na rzecz Zarządzania Granicami i Polityki Wizowej
² Wytyczne podstawowe w zakresie pomocy finansowej w ramach Planu Strategicznego dla Wspólnej Polityki Rolnej na lata 2023–2027 
³ Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2021/2115 z dnia 2 grudnia 2021 r. ustanawiające przepisy dotyczące wsparcia planów strategicznych sporządzanych przez państwa członkowskie w ramach wspólnej polityki rolnej (planów strategicznych WPR) i finansowanych z Europejskiego Funduszu Rolniczego Gwarancji (EFRG) i z Europejskiego Funduszu Rolnego na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich (EFRROW) oraz uchylające rozporządzenia (UE) nr 1305/2013 i (UE) nr 1307/2013